|
Nội dung khóa học
Khóa học sẽ cung cấp những kiến thức cơ bản về
cách thức khai thác dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu
sinh học công cộng, tìm kiếm một trình tự sinh
học (acid nucleic, protein). Giúp học viên biết
cách so sánh các trình tự, tìm những trình tự
tương đồng với trình tự mình đang có, từ đó dự
đoán đặc tính, chức năng trình tự. Phân tích các
vùng bảo tồn, xây dựng cây phát sinh loài thể
hiện mối quan hệ giữa các trình tự.
Học viên còn được học cách phân tích dữ liệu cấu
trúc phân tử protein. Biểu diễn mô hình cấu trúc
phân tử bằng các phần mềm. Từ những đặc tính đã
biết của trình tự, có thể xây mô hình cấu trúc
protein, ứng dụng trong phân tích motif, dự đoán
chức năng protein hoặc dùng trong kỹ thuật mô
phỏng các đại phân tử sinh học. |
|
Người
hướng
dẫn khóa học
|

|
Fabian Böss
Nghiên cứu sinh năm thứ III
Chuyên môn: mô phỏng động lực học phân
tử |
 |
Thái Kế Quân
Nghiên cứu sinh năm thứ I
Chuyên môn: cơ sở dữ liệu, protein
modelling
|
|

|
Michael Knoll
Nghiên cứu sinh năm thứ II
Chuyên môn: cơ sở dữ liệu, protein
modelling |
 |
Đỗ Anh Tuấn
Nghiên cứu sinh năm thứ I
Chuyên môn: mô phỏng động lực học phân
tử |
|
|
Thời khóa
biểu
|
Thời gian |
Nội dung |
|
Ngày thứ 1 |
Ngày thứ 2 |
Ngày thứ 3 |
|
7.30 -
9.30 |
Giới
thiệu về bioinformatics: định nghĩa,
công cụ và ứng dụng |
Phân tích
trình tự: sắp gióng cột tương đồng nhiều
trình tự, xây dựng cây phát sinh loài
|
Dự đoán
cấu trúc protein: sử dụng Swiss-Model |
|
9.30 -
9.45 |
Giải
lao |
Giải
lao |
Giải
lao |
|
9.45 -
11.45 |
Cơ sở dữ
liệu (CSDL) sinh học: giới thiệu các
CSDL thông dụng, kỹ thuật tìm kiếm |
Phân tích
trình tự: thiết kế mồi cho phản ứng PCR |
Dự đoán
chức năng protein |
|
11.45-13.00 |
Nghỉ
trưa |
Nghỉ
trưa |
Nghỉ
trưa |
|
13.00-15.00 |
CSDL sinh
học: tìm kiếm tài liệu khoa học, trình
tự sinh học, cấu trúc protein… |
Phân tích
cấu trúc protein: tìm hiểu CSDL PDB |
Thảo luận
chuyên đề*: giới thiệu một số ứng dụng
trong nghiên cứu protein |
|
15.00-15.30 |
Giải
lao |
Giải
lao |
Giải
lao |
|
15.30-17.30 |
Phân tích
trình tự: công cụ BLAST, kỹ thuật sắp
gióng cột tương đồng hai trình tự |
Hiển thị
cấu trúc bằng các phần mềm Pymol, Spdbv
|
Thảo luận + Tổng kết khóa học |
* Phần
thảo luận chuyên đề (chỉ tổ chức một buổi, từ 13h
đến 17h, ngày thứ 3 của khóa học) dành cho đối tượng đã có
kiến thức cơ bản về tin sinh học. Để tham gia
buổi thảo luận này bạn cần phải đăng ký nội dung
(bạn đang quan tâm, đang gặp khó
khăn) cần thảo luận xoay quanh các chủ đề sau:
1. Lập trình
Perl trong sinh học
2. Xây dựng một cơ sở
dữ liệu sinh học
3.
Protein modelling:
nguyên tắc và ứng dụng
4.
Protein docking
5.
Ứng dụng mô
phỏng động lực học phân tử trong nghiên
cứu
cấu trúc protein
Buổi thảo luận sẽ dành phần lớn thời gian giải
đáp các thắc mắc, trao đổi các kinh nghiệm
nghiên cứu về vấn đề bạn đang quan tâm.
|
|
Tài liệu
tham khảo
Giáo
trình
và phần mềm giảng dạy có thể tải về
tại đây. Học viên
cũng có thể tham khảo thêm một số tài liệu tin
sinh học cơ bản khác:
-
Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis
(tác giả David Mount)
- Developing
Bioinformatics Computer Skills (tác
giả Cynthia
Gibas, Per Jambeck)
- Introduction to
Protein Structure (tác giả
C. Branden)
|
|
Yêu cầu đối
với học viên
-
Đối
tượng có thể tham gia là sinh viên, học viên
cao học, nghiên cứu sinh và nghiên cứu viên
thuộc các ngành sinh học, công nghệ sinh học,
công nghệ thông tin
tại các Viện và Trường Đại học.
-
Để tiếp nhận tốt kiến thức Tin - Sinh học cơ
bản,
học viên cần có kiến thức cơ bản về sinh học
phân tử tế bào, hóa sinh(acid nucleic, gene,
protein...), sử dụng tốt máy tính và
internet.
-
Khóa học được giảng dạy song song bằng tiếng
Anh và tiếng Việt.
-
Sau khi hoàn tất khóa học, học viên
sẽ nhận
được giấy chứng nhận đã tham gia khóa
học từ Ban tổ chức.
|
|
Đăng ký
Các bạn
quan tâm có thể đăng ký
tham gia khóa học bằng
cách tải
phiếu đăng ký,
điền các thông tin theo yêu cầu rồi gởi về
đại diện Ban Thư ký (xem phần liên lạc
bên dưới).
Do số lượng học viên mỗi lớp có hạn, khóa học sẽ
ưu tiên các học viên đăng ký sớm và học viên có
giấy giới thiệu của đơn vị nghiên cứu (Trường,
Viện).
Lệ
phí đăng ký:
học viên tham gia khóa học không phải đóng lệ
phí. Học viên ở xa tự túc kinh phí đi
lại, ăn ở.
Thời hạn đăng ký:
hết ngày 26 tháng 8 năm 2006 |
|
Liên lạc
Đăng ký tham gia khóa học cũng như cần giải đáp
thắc mắc về khóa học, vui lòng liên lạc với đại
diện Ban Thư ký:
-
Tại
Cần
Thơ:
Anh Trần Nhân
Dũng ( )
-
Tại Huế:
Anh Nguyễn Ngọc Lương ( )
-
Liên lạc phần thảo luận chuyên đề:
Anh Đỗ Anh Tuấn ( )
|
|
|