Collaborative Bioinformatics Laboratory

Hanoi - Ho Chi Minh City - Stuttgart

Khóa Huấn Luyện Tin Sinh Học Tại Việt Nam – Tháng 9/2006

English

Nội dung khóa học

Khóa học sẽ cung cấp những kiến thức cơ bản về cách thức khai thác dữ liệu từ các cơ sở dữ liệu sinh học công cộng, tìm kiếm một trình tự sinh học (acid nucleic, protein). Giúp học viên biết cách so sánh các trình tự, tìm những trình tự tương đồng với trình tự mình đang có, từ đó dự đoán đặc tính, chức năng trình tự. Phân tích các vùng bảo tồn, xây dựng cây phát sinh loài thể hiện mối quan hệ giữa các trình tự.

Học viên còn được học cách phân tích dữ liệu cấu trúc phân tử protein. Biểu diễn mô hình cấu trúc phân tử bằng các phần mềm. Từ những đặc tính đã biết của trình tự, có thể xây mô hình cấu trúc protein, ứng dụng trong phân tích motif, dự đoán chức năng protein hoặc dùng trong kỹ thuật mô phỏng các đại phân tử sinh học. 

Người hướng dẫn khóa học

 

Fabian Böss
Nghiên cứu sinh năm thứ III
Chuyên môn: mô phỏng động lực học phân tử

Thái Kế Quân
Nghiên cứu sinh năm thứ I
Chuyên môn: cơ sở dữ liệu, protein modelling
 

 

Michael Knoll
Nghiên cứu sinh năm thứ II
Chuyên môn: cơ sở dữ liệu, protein modelling

Đỗ Anh Tuấn
Nghiên cứu sinh năm thứ I
Chuyên môn: mô phỏng động lực học phân tử

Thời khóa biểu

Thời gian

Nội dung

Ngày thứ 1

Ngày thứ 2

Ngày thứ 3

7.30 - 9.30

Giới thiệu về bioinformatics: định nghĩa, công cụ và ứng dụng

Phân tích trình tự: sắp gióng cột tương đồng nhiều trình tự, xây dựng cây phát sinh loài 

Dự đoán cấu trúc protein: sử dụng Swiss-Model

9.30 - 9.45

Giải lao

Giải lao

Giải lao

9.45 - 11.45

Cơ sở dữ liệu (CSDL) sinh học: giới thiệu các CSDL thông dụng, kỹ thuật tìm kiếm

Phân tích trình tự: thiết kế mồi cho phản ứng PCR

Dự đoán chức năng protein

11.45-13.00

Nghỉ trưa

Nghỉ trưa

Nghỉ trưa

13.00-15.00

CSDL sinh học: tìm kiếm tài liệu khoa học, trình tự sinh học, cấu trúc protein…

Phân tích cấu trúc protein: tìm hiểu CSDL PDB

Thảo luận chuyên đề*: giới thiệu một số ứng dụng trong nghiên cứu protein

15.00-15.30

Giải lao

Giải lao

Giải lao

15.30-17.30

Phân tích trình tự: công cụ BLAST, kỹ thuật sắp gióng cột tương đồng hai trình tự

Hiển thị cấu trúc bằng các phần mềm Pymol, Spdbv

Thảo luận + Tổng kết khóa học

* Phần thảo luận chuyên đề (chỉ tổ chức một buổi, từ 13h đến 17h, ngày thứ 3 của khóa học) dành cho đối tượng đã có kiến thức cơ bản về tin sinh học. Để tham gia buổi thảo luận này bạn cần phải đăng ký nội dung (bạn đang quan tâm, đang gặp khó khăn) cần thảo luận xoay quanh các chủ đề sau: 

1. Lập trình Perl trong sinh học

2. Xây dựng một cơ sở dữ liệu sinh học

3. Protein modelling: nguyên tắc và ứng dụng

4. Protein docking

5. Ứng dụng mô phỏng động lực học phân tử trong nghiên cứu cấu trúc protein

Buổi thảo luận sẽ dành phần lớn thời gian giải đáp các thắc mắc, trao đổi các kinh nghiệm nghiên cứu về vấn đề bạn đang quan tâm.

Tài liệu tham khảo

Giáo trình và phần mềm giảng dạy có thể tải về tại đây. Học viên cũng có thể tham khảo thêm một số tài liệu tin sinh học cơ bản  khác:

  1. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (tác giả David Mount)

  2. Developing Bioinformatics Computer Skills (tác giả Cynthia Gibas, Per Jambeck)
  3. Introduction to Protein Structure (tác giả C. Branden)

Yêu cầu đối với học viên

  • Đối tượng có thể tham gia là sinh viên, học viên cao học, nghiên cứu sinh và nghiên cứu viên thuộc các ngành sinh học, công nghệ sinh học, công nghệ thông tin tại các Viện và Trường Đại học.

  • Để tiếp nhận tốt kiến thức Tin - Sinh học cơ bản, học viên cần có kiến thức cơ bản về sinh học phân tử tế bào, hóa sinh(acid nucleic, gene, protein...), sử dụng tốt máy tính và internet.

  • Khóa học được giảng dạy song song bằng tiếng Anh và tiếng Việt.

  • Sau khi hoàn tất khóa học, học viên sẽ nhận được giấy chứng nhận đã tham gia khóa học từ Ban tổ chức.

Đăng ký

Các bạn quan tâm có thể đăng ký tham gia khóa học bằng cách tải phiếu đăng ký, điền các thông tin theo yêu cầu rồi gởi về  đại diện Ban Thư ký (xem phần liên lạc bên dưới). Do số lượng học viên mỗi lớp có hạn, khóa học sẽ ưu tiên các học viên đăng ký sớm và học viên có giấy giới thiệu của đơn vị nghiên cứu (Trường, Viện).

Lệ phí đăng ký: học viên tham gia khóa học không phải đóng lệ phí. Học viên ở xa tự túc kinh phí đi lại, ăn ở.

Thời hạn đăng ký: hết ngày 26 tháng 8 năm 2006 

Liên lạc

Đăng ký tham gia khóa học cũng như cần giải đáp thắc mắc về khóa học, vui lòng liên lạc với đại diện Ban Thư ký:

  • Tại Cần Thơ:
    Anh Trần Nhâ
    n Dũng () 

  • Tại Huế:
    Anh Nguyễn Ngọc Lương (
    )

  • Liên lạc phần thảo luận chuyên đề:
    Anh Đỗ Anh Tuấn ()



Cập nhật ngày 29/07/2006